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WGBS都可以做什么分析

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【概要描述】  DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息,通常意义上的DNA甲基化是集中在整个基因组或特定地区C部位的甲基化水平数据,对表观遗传学的时空理性研究具有重要意义。WGBS是DNA甲基化研究的金标准,通过Bisulfite处理和全基因组DNA序列的结合,分析整个基因组的甲基化情况,可以用单碱基分辨率准确评估单个C。

WGBS都可以做什么分析

【概要描述】  DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息,通常意义上的DNA甲基化是集中在整个基因组或特定地区C部位的甲基化水平数据,对表观遗传学的时空理性研究具有重要意义。WGBS是DNA甲基化研究的金标准,通过Bisulfite处理和全基因组DNA序列的结合,分析整个基因组的甲基化情况,可以用单碱基分辨率准确评估单个C。

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  DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息,通常意义上的DNA甲基化是集中在整个基因组或特定地区C部位的甲基化水平数据,对表观遗传学的时空理性研究具有重要意义。WGBS是DNA甲基化研究的金标准,通过Bisulfite处理和全基因组DNA序列的结合,分析整个基因组的甲基化情况,可以用单碱基分辨率准确评估单个C。

  WGBS因为数据量大,可以分析很多项目,还包括其他组学科的关联,所以可以让对该数据的解释倒退。让我们看一下WGBS产品的特性。

  1.双硫铁矿实验的严格质量控制

  亚硫酸盐处理效率是WGBS数据可靠性的重要指标。Kidio的所有实验样品中都添加了用于质量控制的噬菌体LAMBA  DNA作为内参,可以准确评估每个样品BS处理的效率,并在结算报告中显示出来。心里可以知道自己项目数据的可靠性。

  2.提供样本群集信息,整个样本关系一目了然

  PCA、树等的分析结果、多组样本的群集关系、是否存在偏离样本等一目了然。

  3.不同地区甲基化率统计

  我们将对以下不同类型基因组领域的平均甲基化率进行分类和统计。特定地区平均甲基化率的变化对特定研究具有特殊意义。例如,转座子上下游甲基化变化规律对研究植物DNA甲基化变化规律的老师来说是非常有价值的分析点。

  4.不同类型的c甲基化差异

  DNA甲基化根据分馆序列分为三种类型:CG、CHG和CHH的甲基化。三种甲基化修饰酶不同,潜在物种体内也有不同的调节机制。例如,动物体内主要对CG类型的甲基化修饰有调节作用。植物中CHH类型的甲基化修饰由于RNA介导的DNA甲基化修饰而发挥着更重要的作用。

  因此,在报告中,无论是网站还是地区差异甲基化分析,我们都会对CG、CHG、CHH进行统计,所以我们保证对它们对基因组的影响进行细致的分析。


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