表观遗传学改变可以定义为基因遗传性或获得性的改变，但这种改变与DNA序列的改变无关。组蛋白的化学修饰也可以作为表观遗传变化，组蛋白乙酰化变化的基因通常被打开，甲基化芯片是常见的表观遗传学改变; 启动子或外显子CpG岛甲基化变化导致基因表达失活; 那么，下面一起了解下甲基化芯片在表观遗传学中的应用吧!

　　甲基化芯片是导致基因沉默和过度表达的主要变化，常规方法不能在全基因组水平检测甲基化。表观遗传学分析与基因芯片技术相结合，可以高通量进行甲基化定性和定量分析。

　　目前已建立了两种基于芯片的甲基化分析方法，一种是甲基化特异寡核苷酸引物法，另一种是差分甲基化杂交法的首要方法是利用直接杂交原理，但在标记前用亚硫酸氢钠处理DNA，使所有未甲基化的胞嘧啶该方法一般对已知单个基因的调控区进行研究，不能对大量基因，特别是未知基因进行甲基化分析。

　　DMH法是一种新的方法，但靶基因和探针的制备方法比cDNA表达谱芯片更复杂DMH法是根据CpG岛文库制作的。为大规模研究CpG岛甲基化谱提供了高通量的技术平台。DMH方法与表达谱基因芯片相似，Cross等人构建了含有甲基化CpG结合结构域的亲和基质，并从人类基因组DNA中分离出CpG岛序列。用亲和柱分离富含GC的MseI处理片段，并在克隆载体中构建文库。预先筛选CpG岛的克隆，核酸内切酶MseI将DNA消化成小片段，但对大部分CpG岛序列不起作用，用MseI处理。酶切后探针可与CGI文库Mse处理靶基因结合。用酶切的富GC片段拼接甲基化敏感核酸内切酶BstUI处理，使其具有多个BstUI酶切位点，扩增后的片段用于芯片的制备。 从实验样品中提取基因组DNA，BstUI处理和未经处理的对照DNA进行linker—PCR和荧光标记。 今后的杂交、图谱和数据处理过程与表达谱芯片完全相同。

　　甲基化芯片对人乳腺癌细胞系中的CpG岛进行分析，然后应用于玻璃芯片，提高检测通量。通常，低分化的肿瘤组织表现出比中等分化或分化良好的正常组织高的甲基化程度。乳腺癌表观遗传学改变分析显示，CpG岛过甲基化导致抑癌基因沉默，部分细胞下调。Ottaviano等人通过评价人ERa基因外显子上CpG岛的甲基化芯片状态，MSO芯片的实验结果与传统的DNA模板和亚硫酸盐序列甲基化分析方法的结果一致。 DMH成功检测到卵巢癌甲基化谱。卵巢癌组织样品中甲基化CpG岛多于卵巢癌细胞系。Rober等人利用该技术研究了肿瘤抑制基因p16的启动子区，该基因在许多肿瘤中被高甲基化。该启动子高甲基化可抑制p16的转录，并与一些肿瘤相关;他们发现p16的启动子区在H1299细胞株的CpG位点均匀甲基化。

　　不同的甲基化芯片谱反映了肿瘤的不同阶段或不同类型。因此，如基因表达谱，CpG岛高甲基化部位参与肿瘤的发生，可作为特定肿瘤亚型独特的后天标志物，应用研究的方向包括开发基于肿瘤相关DNA甲基化模型的辅助诊断方法， 基于甲基化谱的聚类分析也可用于肿瘤亚型的分析。 这些基础研究具有潜在的应用价值，以及抑制肿瘤细胞DNA甲基化或组蛋白脱乙酰化的方法和药物治疗肿瘤。