甲基化芯片不仅我们可以进行检测体内反式因子与DNA的动态发展相互促进作用，还可以用来分析研究发现组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。此外，芯片与其他方法的结合扩大了芯片的应用范围，与基因芯片结合建立的芯片上方法已被广泛应用于特定反式因子靶基因的high throughput，芯片和体内足迹方法已被广泛应用。Binding用于企业寻找自己体内反式因子的结合位点; RNA-CHIP 用于进行研究 RNA 在基因可以表达方式调控中的作用。

　　一、甲基化芯片的常见用途

　　1.DNA甲基化

　　脊椎动物的DNA甲基化通常发生在CpG位点。DNA甲基产生转移酶将胞嘧啶转化为5-甲基胞嘧啶。人类文化基因中约80%-90%的CpG位点已被发现甲基化，但某些具有特定目标区域，如富含胞嘧啶和鸟嘌呤的CpG岛，并未进行甲基化。这与56%的哺乳动物基因中的启动子有关，包括所有广泛表达的基因。人类基因组的1%-2%是CpG群体，CpG甲基化与转录活性成反比。

　　2.蛋白质甲基化芯片

　　蛋白质甲基化一般是指蛋白质序列中精氨酸或赖氨酸的甲基化。精氨酸也是可以通过甲基化进行一次或两次将两个不同甲基信号同时企业转移到精氨酸多肽以及末端的同一个甲基上。氮原子变成不对称甲基精氨酸，或将甲基添加到每个氨基末端变成对称的二甲基精氨酸)赖氨酸可以被赖氨酸转移酶甲基化一次、两次或三次。在组蛋白中，蛋白质甲基化是研究较多的一类。在组蛋白转移酶的催化下，S-腺苷甲硫氨酸的甲基可以转移到提高组蛋白上。某些组蛋白残基可以通过甲基化抑制或激活基因表达而形成表观遗传学。蛋白质进行甲基化是翻译后修饰的一种教学形式。

　　3.组蛋白修饰

　　在保持组蛋白和 DNA 结合的同时，染色质被切割成小片段，通过应用与特定组蛋白标记相对应的生物抗体沉淀目标片段(具有组蛋白特异性标记的片段)。此外，H4-K20的甲基化与基因沉默相关，H3-K36和H3-K79的甲基化与基因激活相关。但需要我们注意的是，甲基化的数量与基因表达沉默和激活的程度进行有关。

　　4.DNA甲基化芯片

　　蛋白质-DNA复合物以活细胞状态固定，小的染色质片段被随机切割成一系列长度，然后通过免疫学方法沉淀复合物以特异性富集与靶蛋白结合的 DNA 片段。对目标教学片段可以进行分析纯化和检测，以获得蛋白质与DNA相互促进作用的信息。

　　组蛋白修饰，包括组蛋白甲基化和乙酰化，都使用 ChIP 检测。我如何知道我是要检测甲基化水平还是乙酰化水平?

　　抗体 → 甲基转移酶/乙酰化酶特异性抗体。

　　二、甲基化芯片的原理

　　使用抗体特异性特征分析检测蛋白质-蛋白质之间相互促进作用。

　　1.染色质免疫沉淀

　　研究蛋白质和核酸相互结合的技术。

　　甲醛固定后，蛋白质与相互接近的蛋白质之间、蛋白质与核酸(DNA或RNA)之间会形成共价键。

　　在细胞中，可以相互结合的蛋白质彼此相对接近，或者可以结合在一起。这时，甲醛处理可以在它们之间产生共价键，将它们结合在一起。

　　2.染色质结构

　　染色质包括紧密排列的组蛋白和 DNA，以及与 DNA 结合的其他物质。

　　3.染色质免疫沉淀

　　蛋白质和核酸通过甲醛交联，蛋白质-核酸复合物被蛋白质抗体沉淀，检测蛋白质上的核酸。