一般来说，只要选择了合适的技术方法、重复样本的数量以及一定的检测深度(范围)，所有设计都旨在探索生物标记/相互关系; 但对于甲基化芯片的生物学机制研究，建议主要采用纵向(时间过程)或梯度研究。 因为这样设计，不仅可以捕捉稳定的甲基化变化趋势，而且可以准确估计缺失样本的数据，那么，下面一起了解下甲基化芯片研究设计策略吧!

　　甲基化芯片实验设计策略：

　　1 .横断面设计：病例-对照研究

　　甲基化芯片普遍采用的研究类型是将某一特定状态(病例组)与典型状态(对照组)进行比较，通常用于识别可能有助于刺激或对其他状态的反应的因素。

　　甲基化芯片优点-病例组/对照组样本量相对庞大，增加了组间比较的统计效果;

　　甲基化芯片缺点不同的分组标准可能会出现难以控制的复杂个体表型，导致出现甲基化疾病相关性的概率降低。

　　2 .甲基化芯片纵向(时间过程)或渐进研究

　　随着多个时间点或参数的变化进行DNA甲基化检测。 例如药物梯度浓度，诱导后不同时间点，该设计可以观察DNA甲基化的变化趋势，过滤噪声，提高结果的可靠性。 例如，随着时间的推移和药物浓度的变化，DNA甲基化明显上升或下降的结果比在两种条件下比较差异变化的结果更为可靠。

　　3 .甲基化芯片双胞胎(同卵)比较研究

　　关于同卵双胞胎性状和疾病差异的研究，可能是较好的实验方案，因为同卵双胞胎可以排除遗传变异和年龄问题，在一定程度上排除环境因素，样本数：约25对同卵双胞胎(需要考虑年龄和环境因素对受试者的影响)。

　　4 .甲基化芯片多代家系遗传研究

　　虽然个体间年龄的影响不可避免，但由于个体间遗传变异(DNA甲基化特征与年龄相关)的差异减小，出现新生变异和转运效应，家系研究受到样本数量少和临床信息采集难度的限制。