甲基化芯片包含了原先的Infinium Methylation450 BeadChip芯片90%以上的内容，这种选择可提供一种广泛、全面的甲基化组图谱。而且还靶定了ENCODE计划中确定为潜在增强子的区域，还有FANTOM5计划在各种组织类型中确定出的增强子。

　　目前我们进行甲基化分析常规使用的是Illumina HumanMethylation450 BeadChip，也就是我们常说的450K芯片。送检的每个样本均在单独的阵列(包含红色和绿色两种通道)上进行测量，每一个阵列包含450.000个CpG位点。每一个位点具有两种不同的测量值：甲基化以及非甲基化测量值。

　　而这两种值是通过“Type I”或“Type II”中的一种方式进行测量。“Type I”用来只测量一种的颜色，而在这一个颜色通道种包括两个不同的探针来分别测量甲基化以及未甲基化值。而“Type II”只有一个探针，但包括双色通道来测量甲基化与未甲基化的值。我们需要注意的是在芯片种探针与CpG位点并非一一对应的，450K芯片一共有48万多个探针，而所包含的CpG位点差不多在45万个左右。这一点我们之后还会再提及。

　　实际上一个芯片(slide)包括12个阵列(array)，而每一个阵列能够分析一个样本，机器可以同时分析8张芯片，所有，一次性可以没有批次的分析96个样本。

　　M值和β值：

　　450K甲基化芯片能够对应一个CpG位点测出甲基化测量信号强度(M， methylated value)值和非甲基化信号强度(U，unmethylated value)。β值则等于M/(M + U + offset)，这里的offset是偏移量，以防止出现分母为0的情况。而M值则等于log2 (M/U)，也就是根据荧光信号进行log化。

　　在我们常规分析中，β值更加适合进行甲基化水平的定量，能够阐明生物学意义，任何等于或大于0.6的β值都被认为是完全甲基化的。

　　任何等于或小于0.2的β值被认为是完全未甲基化的。

　　β值在0.2和0.6之间被认为是部分甲基化的。

　　而M值更适合用于进行下游统计分析。