850K甲基化芯片数据分析，本说明仅供参考。

　　Illumina甲基化芯片技术仍然是我们很多国家实验室做甲基化进行项目的优选技术，尤其是大样本数据研究，性价比相当高;它们在临床实践中仍然被广泛使用。芯片经历了27k，450k 和850k (27k，450k 和850k 指可检测的 cpg 甲基化位点) ，当前数据的积累主要来自450k 芯片，那么850k 可能成为主流芯片的甲基化。小编之前没有写过一篇研究关于450K芯片进行预处理的帖子，详细分析介绍了这款芯片的基本理论知识、流程图和代码。你可以先看看。

　　与测序相比，芯片处理可能不需要很高的计算资源。使用的主要工具是 r，但使用 r 比较会消耗内存，特别是在处理大量数据时。

　　Step1：基础知识的补充

　　在正式分析之前，我根据作业整理了甲基化和微阵列的基础知识。

　　Illumina甲基化基因芯片和探针进行设计工作原理(I型探针和II型探针)

　　原理：简而言之，基于亚硫酸盐处理的DNA序列杂交的信号检测。亚硫酸盐是甲基化检测的“金标准”。无论是通过微阵列技术还是存在甲基化测序，都必须先对DNA样品可以进行亚硫酸盐以及处理，使未甲基化的C变成U，而甲基化的C保持一个不变，以便在后续研究测序或杂交后加以明确区分。

　　450K 和 850K 使用两种探针 Infinium I 和 Infinium II 来测量甲基化。无限 i 使用两个珠子(甲基化 m 和未甲基化 u，如图所示) ，而 ii 只有一个珠子(即甲基化和未甲基化在一起) ，这也有助于它们在随后的荧光检测中的差异; 在450k 使用两个荧光检测信号(红色和绿色)。

　　甲基化概述：

　　DNA甲基化被认为是一种表观遗传调控方式，如胞嘧啶甲基化(5-mC)研究很多，被认为是一种哺乳动物生活中常见的甲基化主要方式，近期的一些问题研究还发现了许多其他甲基化形式，如2016年Nature发表了一篇自己关于提高小鼠进行胚胎干细胞m6A(N6-甲基腺嘌呤)形式通过甲基化的文章。DAN甲基化在基因表达、染色质重构、细胞分化、疾病等方面具有重要作用。

　　甲基化检测方法：

　　目前的甲基化检测技术方法我们可以通过概括为三种不同类型：微阵列、测序和免疫沉淀。方法的选择主要根据实验目的和实验室条件。但目前甲基化芯片技术在覆盖率、检测灵敏度和价格等方面都比较划算。