因为第三代测序已经研发流程中，NGS测序平台在靶向甲基化测序分析方式中依然占主导性。因为PCR反映中欠缺内源和生成的热稳定DNA甲谷丙转氨酶，靶向甲基化测序信息内容将于PCR扩增期内被敲减，因而绝大多数DNA甲基化测序都取决于基因组DNA的预备处理，已有的DNA甲基化NGS测序分析技术分成三大类：亚硫酸盐转换、酶切和聚集。以下是一些常见甲基化分析方式基本原理、运用和相对性优势。这个方法关键根据增加或混种杂交前基因组DNA的差异预备处理，关键详细介绍几类根据处理芯片和捕捉到的DNA甲基化分析服务平台。

　　(1)DNA甲基化重亚硫酸盐测序分析技术

　　经亚硫酸盐处理基因组DNA中没有甲基化胞嘧啶残基可以比甲基化胞嘧啶迅速脱氨基并转化成胰腺嘧啶。因为亚硫酸盐转换的DNA仅由三种不同类型的碱基组成，限制对其处理芯片混种杂交的适应能力，尤其是基因组区域范围DNA甲基化分析。但亚硫酸盐处理DNA非常适合测序分析，因为NGS测序平台开发设计，亚硫酸盐测序技术如今在DNA甲基化分析中实现主导地位。

　　从那以后，约150项科学研究应用RLGS来分析DNA甲基化。如应用RLGS科学研究98例人原发性肿瘤中1184个未选择的CpG岛基因组DNA甲基化水准，RLGS可以依照甲基化比较敏感限制性内切酶(MRE)靶向治疗潜在性CpG结构域，该MRE能够可选择性酶切CpG结构域基因组聚集地区或预测分析可能出现约束性精彩片段的基因组编码序列。根据二维凝胶电泳分离出来酶转换所产生的约束性精彩片段，在单独实验操作中检验超1000个CpG结构域的CGI。RLGS广泛用于结构域、区域人体 器官靶向治疗科学研究，如印痕结构域和恶性肿瘤。除RLGS外，甲基化结构域间增加(AIMs)和甲基化比较敏感引物设计PCR(MS-AP-PCR)的增加，早已用于评定基因组甲基化水准。AIMs和MS-AP-PCR都依靠凝胶电泳、PCR物质差别和内切酶，如甲基化比较敏感或抵抗性限制酶。因为劳动效率大而屏幕分辨率比较低，这种疑胶分析技术正慢慢被替代。