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靶向DNA甲基化的原则

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  • 发布时间:2022-12-07 09:32
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【概要描述】  建立灵活的靶向测序技术用于靶基因/CpG位点检测。易建立靶向DNA甲基化高通量测序(Target-BS)是针对现有的靶基因面板组合,利用易基因自主研发的特异性多重PCR引物设计软件,对亚硫酸盐转化后的靶基因进行多重扩增,数据库建立后,可准确检测高深度(1000倍以上)。

靶向DNA甲基化的原则

【概要描述】  建立灵活的靶向测序技术用于靶基因/CpG位点检测。易建立靶向DNA甲基化高通量测序(Target-BS)是针对现有的靶基因面板组合,利用易基因自主研发的特异性多重PCR引物设计软件,对亚硫酸盐转化后的靶基因进行多重扩增,数据库建立后,可准确检测高深度(1000倍以上)。

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  建立灵活的靶向测序技术用于靶基因/CpG位点检测。易建立靶向DNA甲基化高通量测序(Target-BS)是针对现有的靶基因面板组合,利用易基因自主研发的特异性多重PCR引物设计软件,对亚硫酸盐转化后的靶基因进行多重扩增,数据库建立后,可准确检测高深度(1000倍以上)。

  靶向DNA甲基化是DNA化学修饰的一种形式,可以在不改变DNA序列的情况下改变基因表达。所谓就是在转移酶的作用下,胞嘧啶5号碳位是与甲基共价结合。大量研究表明,可引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性和DNA相互作用的改变蛋白质改变以控制基因。

  靶向DNA甲基化是发现至早、研究至多的遗传调控机制之一。广义上是指在组蛋白甲基转移酶的催化下,以DNA序列为基础,利用S-腺苷甲硫氨酸作为甲基供体通过共价键合获得甲基的化学修饰。修饰可以发生在C-5位、腺嘌呤的N-6位和鸟嘌呤的G-7位。一般研究涉及的主要是指发生在CpG二核苷酸第5个碳原子上的,及其产物被称为5-甲基(5-mC),是动植物等真核生物的主要形式,也是目前发现的形式哺乳动物DNA。作为一种相对稳定的修饰状态,在DNA甲基转移酶的作用下,随着DNA后代的遗传给新生儿DNA是一个重要的遗传机制。

  CMTs酶只存在于植物,主要特点是其催化区域T和IV嵌入染色体的主要区域,并特异性维持CG胞嘧啶的。Dnmt:在小鼠、人类和斑马鱼鉴定出的第3类酶。Dnmt3a和Dnmt3b在未分化的胚胎干细胞高表达,他们的主要作用是从头开始,但他们也起到维持作用,并负责重复序列。

  与传统的BSP克隆测序相比,超深度亚硫酸盐甲基化测序具有较高的灵敏度和准确性,可以准确检测出样品中小于1%的水平。

  1.样品需求低,20ng基因组DNA即可实现多基因扩增;

  2.适用范围广,适用于基因组DNA、FFPE样本、游离cfDNA等样本;

  3.检测成本明显低于现有技术,检测成本快速且经济。

  液相色谱(LC)是一种泛基因组DNA甲基化平台,用于定量样品中总5-甲基脱氧胞苷(5mdC)含量。基本上,脱氧核糖核酸酶、碱性磷酸酶和核酸外切酶依次或同时水解DNA样品。层析分离后,表示为5mdC和5mdC加脱氧胞苷(dC)之和的百分比。LC分析可以快速获得并量化实验的整体甲基化水平,但很难建立适合5mdC和dC的内标。基于LC分析的技术难点在于获取甲基化位置的详细信息。色谱技术仍然有效,当与荧光、紫外和质谱联用时,可以提高灵敏度。在这些改进中,LC/MS为整个基因组DNA甲基化的定量提供了一种准确且高度灵敏的方法。


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