目标区域甲基化测序 (Targeted Bisulfite Sequencing)

项目介绍

参数

常见问题

应用案例

目标区域甲基化测序(Targeted Bisulfite Sequencing)

除了全基因组甲基化测序技术等研究手段，对于目标基因/CpG位点甲基化检测，需要灵活的靶向甲基化测序方案,

基于亚硫酸盐多重PCR捕获核心技术和NGS高深度测序的目标区域甲基化测序Targeted Bisulfite Sequencing,

满足几个到上百个基因/CpG位点的检测, 具有高准确性、高通量、低成本、快周期的优势,

广泛用于临床样本多位点的甲基化Biomarker筛选、验证及临床转化应用。

技术优势

基于亚硫酸盐多重PCR扩增捕获测序；

高效灵活的目标区域甲基化检测方案；

NGS高深度测序，单碱基分辨率，绝对定量的；

适合几个到几百个区域/CpG位点同时检测；

适合广泛的样本类型：血液、组织、病理切片、灌洗液、粪便等；

低成本、快周期的，超高性价比优势；

核心技术，用心服务每一个项目

艾斯基因专注表观组学10年，提供专业有价值的DNA甲基化完整解决方案；

最早开发TBS技术团队之一, 国内首家推出靶向甲基化TBS定制化服务；

已经完成血液、组织、病理切片、粪便等多种类型，10000+例样本TBS项目经验;

核心团队在Genome biology、DNA Res等杂志发表多篇SCI论文；

专业的生物信息分析团队, 提供更多个性化分析思路和方案。

科学方案设计

从项目方案、样本处理、建库测序，到数据分析；

每个项目需要专业、有价值的建议；及时高效的沟通，以保障高质量研究成果。

样本类型和要求

样本类型	样本要求
基因组DNA	总量≥ 200ng; 浓度≥ 10ng/ul; 基于Qubit定量
细胞、血液、新鲜冷冻组织等	按照送样要求准备
备注：用封口膜密封样品; 干冰运输

数据分析

TBS	分析内容	备注
标准分析	1、测序数据质量评估	过滤掉低质量数据，保证数据质量
	2、与目标区域序列比对	统计覆盖度分析
	3、CpG位点甲基化水平统计	评估胞嘧啶甲基化状态
	4、不同样本间甲基化水平比较	统计甲基化差异
高级分析	5、临床病理信息分析	甲基化与临床信息关联分析

案例分析1：DNA甲基化异常用于甲状腺结节诊断

Identification of Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics. Clin Cancer Res. 2019;15;25(2):544-551.

本课题通过RRBS检测了109个甲状腺组织的DNA甲基化，发现癌旁、良性结节和癌组织之间存在显著差异，并在65个甲状腺结节的回顾性队列样本中得到验证。这些组织特异性DMR与活性增强子和癌症相关基因密切相关，表明DNA甲基化为甲状腺结节提供准确的诊断。并开发及验证了基于靶向甲基化测序TBS (Target Bisulfite Sequencing) 用于甲基化多位点甲状腺结节诊断的转化应用方案的重要价值。

案例分析2：血清游离DNA甲基化biomarker用于乳腺癌转移早期筛查

Methylation patterns in serum DNA for early identification of disseminated breast cancer. Genome Med. 2017;22;9(1):115.

本课题通过RRBS检测了31个样本，其中癌组织(n=8)和白细胞(n=23)的DNA甲基化，筛选出18个癌症特异的DMR, 进一步通过TBS (Targeted Bisulfite Sequencing) 在两个样本库(>1000例)的血浆cfDNA中验证，找到血清EFC#93用于早期识别弥散性乳腺癌的biomarker.

案例分析3：循环肿瘤DNA甲基化biomarker用于肝癌诊断和预后

Circulating tumour DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma. Nat Mater. 2017;16(11):1155-1161.

本课题通过TCGA数据库筛选401个甲基化Biomarker, 在1933例血浆中进行基于靶向亚硫酸盐测序(Targeted Bisulfite Sequncing, TBS) ，通过与临床样本信息进行关联分析，最终筛选了10个HCC诊断和8个HCC预后预测的甲基化Biomarker.

案例分析4：乳腺癌中48个基因甲基化普研究

Methylation proﬁling of 48 candidate genes in tumor and matched normal tissues from breast cancer patients. Breast Cancer Res Treat. 2015;149(3):767-79.

PubMed文献检索与癌症相关的48个基因，180例乳腺癌患者配对的癌和癌旁组织样本库中，通过TBS (Targeted Bisulfite Sequencing) 检测这48个基因的启动子甲基化，寻找有价值的甲基化标记物；结果聚类分析筛选出13个基因（CST6、DBC1、EGFR、GREM1、GSTP1、IGFBP3、PDGFRB、PPM1E、SFRP1、SFRP2、Sox17、TNFRSF10D和WRN）为候选生物标志物，构建乳腺癌高效率的癌症预测模型。

案例分析5：靶向亚硫酸盐测序发现食管鳞癌甲基化biomarker

Targeted bisulfite sequencing identified a panel of DNA methylation-based biomarkers for esophageal squamous cell carcinoma (ESCC）.Clin Epigenetics. 2017. 15;9:129

基于TCGA数据库(450K芯片)等数据，第一步筛选了5个潜在甲基化biomarker，第二步通过TBS (Target Bisulfite sequencing) 在94对ESCC样本中验证和评估，由5个CpG位点Panel的诊断模型具有很好的指标(sensitivity=0.75, specificity=0.88, AUC=0.85)