
羟甲基化免疫共沉淀测序 (hMeDIP-seq)
羟甲基化免疫共沉淀测序(hMeDIP-seq)
羟甲基化DNA免疫沉淀测序(Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitation Sequencing,hMeDIP-Seq),
是通过5hmC特异性抗体富集羟甲基化的DNA片段,结合NGS测序技术在全基因组水平上以较小的数据量,快速、高效地寻找羟甲基化区域;
可广泛应用于羟甲基化与疾病关系研究以及羟甲基化在胚胎发育过程中的研究。
核心技术及质控,用心服务每一个项目
专注表观组学10年,提供专业有价值的DNA羟甲基化完整解决方案;
较早开发羟甲基化测序技术的团队,提供羟甲基化多种解决方案;
已完成人、小鼠、猕猴等多种物种的hMeDIP-seq项目经验;
助力客户在Clin Epigenetics等杂志发表多篇论文;
专业的生物信息分析团队, 提供更多个性化分析思路和方案。
科学方案设计
从项目方案、样本处理、建库测序,到数据分析;
每个项目需要专业、有价值的建议;及时高效的沟通,以保障高质量研究成果。
样本类型和要求
样本类型 |
样本要求 |
基因组DNA |
总量≥ 3ug; 浓度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
细胞、全血、动物组织等 |
按照送样要求准备 |
备注:用封口膜密封样品; 干冰运输 |
数据分析
hMeDIP-seq |
分析内容 |
备注 |
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标准分析 |
1、测序数据质量评估 |
过滤掉低质量数据,保证数据质量 |
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2、与参考基因组比对 |
测序Reads 在基因组上的分布 |
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3、5hmC Peak峰Calling |
5hmC富集区域鉴定 |
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4、5hmCPeak图谱分析 |
5hmCPeak在基因组,染色体,功能元件上的分布 |
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6、组间差异5hmCPeak分析 |
寻找DhMR及注释 |
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7、差异5hmCPeak基因分析 |
相关基因GO,KEGG富集分析 |
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高级分析 |
8、多组学整合关联分析 |
例如与转录组关联分析 |
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9、其它定制化分析 |
结合课题背景亮点挖掘 |
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