染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)
ChIP经典的蛋白与DNA互作研究工具
染色质免疫共沉淀测序（Chromatin Immunoprecipitation Sequencing, ChIP-Seq），
是将染色质免疫共沉淀与高通量测序相结合的技术，
是研究蛋白质与DNA相互作用的经典手段；
通过将测序获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，
从而获得全基因组范围内与组蛋白修饰、转录因子等互作的DNA区段信息。
用心服务每一个项目
最早开发动植物ChIP技术团队之一，
已完成人、小鼠等多种物种进行染色质免疫共沉淀测序分析，
助力客户在Genomics、PLoS One、Gigascience、BMC Genomics等杂志发表多篇论文。
科学方案设计
从项目方案、样本处理、建库测序，到数据分析；
每个项目需要专业、有价值的建议；及时高效的沟通，以保障高质量研究成果。
样本类型和要求
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样本类型 |
样本要求 |
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ChIP富集DNA |
总量≥ 1ng; 浓度≥ 0.1ng/ul; 基于Qubit定量；主峰范围在100-750bp; |
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细胞沉淀 |
组蛋白修饰1x10*7细胞；转录因子5x10*7细胞 |
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动植物组织 |
按照送样要求准备 |
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备注：用封口膜密封样品; 干冰运输 |
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信息分析
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ChIP-Seq |
分析内容 |
备注 |
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标准化分析 |
1、测序数据质量评估 |
去除低质量数据及接头序列 |
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2、与参考基因组比对 |
测序reads 在基因组上的分布 |
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3、Peak峰Calling |
寻找组蛋白修饰或者转录因子结合位点 |
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4、Motif分析 |
寻找修饰或者结合序列的偏好性 |
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5、Peak图谱分析 |
Peak 在基因组，染色体，功能元件上的分布 |
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6、Peak相关基因注释 |
寻找修饰或者转录因子结合基因 |
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7、组间差异Peak分析 |
寻找差异修饰或者转录因子结合区域 |
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8、差异Peak基因分析 |
相关基因GO，KEGG富集分析 |
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高级分析 |
9、多组学整合关联分析 |
例如,与转录组等数据关联分析 |
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10、其它定制化分析 |
结合课题背景亮点挖掘 |
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