
TET-重亚硫酸盐测序(TAB-seq)
TAB-Seq单碱基分辨率羟甲基化检测
羟甲基化5hmC是被认为是哺乳动物基因组上的第六碱基,在发育、衰老、神经退行性疾病、复杂疾病及肿瘤发生过程中起重要作用;
重亚硫酸盐测序并不能区分甲基化5mC和羟甲基化5hmC,实际上是5mC和5hmC两种修饰的混合信号,
TET辅助重亚硫酸盐测序(Tet-assisted bisulfite sequencing, TAB-seq))通过对5hmC进行糖基化保护(免受TET蛋白的氧化),
而5mC和C被脱氨基成尿嘧啶,进而可以从单个碱基水平鉴定5hmC。
用心服务每一个项目
专注表观组学10年,提供专业有价值的DNA甲基化完整解决方案;
较早开发羟甲基化测序技术的团队,国内首家推出多种组合的解决方案;
严格的TAB-seq文库构建质控,Bisulfite转化率>99%;
已完成多种肿瘤及哺乳动物羟甲基化测序及TAB-seq测序分析;
助力客户在Genome biology, Epigenetics等杂志发表多篇论文;
专业的生物信息分析团队, 提供更多个性化分析思路和方案。
科学方案设计
从项目方案、样本处理、建库测序,到数据分析;
每个项目需要专业、有价值的建议;及时高效的沟通,以保障高质量研究成果。
样本类型和要求
样本类型 /文库类型 |
样本要求 |
基因组DNA (TAB-WGBS) |
总量≥ 3ug; 浓度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
基因组DNA (TAB-RRBS) |
总量≥ 1ug; 浓度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
细胞、全血、新鲜冷冻组织等 |
按照送样要求准备 |
备注:用封口膜密封样品; 干冰运输 |
信息分析
TAB-seq |
分析内容 |
备注 |
标准分析 |
1、测序数据质量评估 |
过滤掉低质量数据,保证数据质量 |
2、氧化率及亚硫酸盐转化率评估 |
通过内参进行质控文库 |
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3、与参考基因组比对 |
比对率和覆盖度分析 |
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4、5hmC位点Calling |
评估胞嘧啶甲基化状态 |
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5、5hmC图谱分析 |
5hmC在基因组、功能元件上的分布 |
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6、组间差异DhMR分析 |
寻找DhMR及注释 |
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7、差异5hmC基因分析 |
DMG富集分析GO,KEGG |
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8、多样本聚类分析 |
PCA分析多样本5hmC变化规律 |
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高级分析 |
9、多组学整合关联分析 |
例如与转录组关联分析 |
10、其它定制化分析 |
结合课题背景亮点挖掘 |

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