Circulating free DNA甲基化解决方案
提供cfDNA甲基化全方位技术解决方案
cfDNA (circulating-free cell DNA), 又称循环 DNA 或无细胞DNA, 是指存在于血浆或血清的细胞外DNA；
ctDNA（circulating tumor DNA）携带了肿瘤基因组一定的突变信息(SV、indel、CNV等)，
还携带表观修饰信息5mC甲基化和5hmC羟甲基化及结构信息(片段长度、断裂特征等)；
其中DNA甲基化5mC修饰具有独特的应用价值，广泛用于肿瘤疾病早筛早诊、复发预后等应用
基于cfDNA甲基化biomarker筛选技术路线
潜在甲基化biomarker筛选步骤，结合样本及成本的实际情况，按照以下3种方式进行：
1、以现有的TCGA甲基化芯片数据库进行筛选潜在的biomarker及建模；
2、从肿瘤组织样本入手，筛选肿瘤特异性的biomarker，推荐最高性价比的RRBS方案；
3、直接以血浆/血清cfDNA样本进行WGBS测序筛选biomarker及建模。
在验证步骤，对潜在的biomarker及模型的验证，
通常采用靶向甲基化Panel对大样本血浆/血清cfDNA的临床验证。
完整解决方案，服务每一个项目
艾斯基因专注表观组学10年，提供专业的DNA甲基化完整解决方案；
已经完成3000+例样本cfDNA甲基化项目经验;
解决从血液采集保存、cfDNA分离提取(>90%得率)，
低至15ng输入量的微量全基因组甲基化文库构建，
及cfDNA靶向甲基化Panel定制测序一整套核心技术方案；
全方位助力cfDNA甲基化biomarker筛选及转化应用。
技术方案及样本要求
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样本/文库类型 |
样本要求 |
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850K甲基化芯片 (组织样本) |
总量≥ 1ug; 浓度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
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WGBS/RRBS (组织样本) |
总量≥ 1ug; 浓度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
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cfDNA WGBS (血浆样本) |
建议提供1-4ml血浆/血清, 或者>15ng cfDNA |
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甲基化Panel (血浆样本) |
建议提供1-4ml血浆/血清, 或者>15ng cfDNA |
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备注：用封口膜密封样品; 干冰运输 |
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cfDNA样本准备注意事项
在体内cfDNA在血浆里核酸酶的作用下，不断降解消失，
同时新的ctDNA和cfDNA进入血浆中，维持一定的动态和半衰期；
抽血离体之后ctDNA会继续降解、含量逐步减少，
而来自白血细胞的cfDNA持续进去血浆，进而稀释ctDNA浓度，降低检测信号。
因此，在采血、血浆分离及保存运输，每一步操作都会影响数据的质量
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抽血及暂存注意事项 |
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EDTA抗凝管 |
在2-8度冰箱暂放；在8小时内低温离心分离血浆 |
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Streck等采血管 |
在2-8度冰箱或者常温暂放；在48小时内离心分离血浆 |
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注意：全血样本在分离出血浆之前，千万不要冷冻保存 |
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血浆分离 |
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采取两轮离心分离血浆，4℃条件下以 1600g 离心10min， 4℃条件下以 16000g 离心10min； 要求EDTA抗凝管采血管需要低温条件离心； Streck等采血管建议低温离心，也可以常温离心，不受到影响 |
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保存及运输 |
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分离的血浆存放于-80℃冰箱保存(3年内都可以); 使用干冰运输。 |
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cfDNA提取产量 |
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cfDNA的含量存在较大的波动及异质性； 一般正常人及肿瘤早期, 5-15ng/ml血浆； 肿瘤晚期或者化疗等病人, cfDNA浓度显著提高 |
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为了结果的稳定性和一致性，
我们建议使用Streck等采血管替代普通的 EDTA抗凝管，
对于合作项目，艾斯基因免费提供专门的采血管！
